Отношения некоммерческих организаций иных организационно-правовых форм (кроме бюджетных учреждений) с бюджетами также могут быть двусторонними или односторонними. Для некоторых организаций (общественных, религиозных организаций, фондов) предусмотрена как возможность получения бюджетных средств на определенные цели, предусмотренные законодательством о некоммерческих организациях, так и необходимость уплаты налогов. Отношения остальных некоммерческих организаций с бюджетами ограничиваются только уплатой налогов в соответствии с действующим законодательством.
Разные формы финансирования, применяемые в отношении некоммерческих организаций определенных организационно-правовых форм, обусловливают и различный механизм предоставления средств из бюджета.
Все некоммерческие организации являются плательщиками единого социального налога, а также страховых взносов на обязательное пенсионное и социальное страхование, уплачиваемых в бюджеты соответствующих государственных внебюджетных фондов. Однако различный правовой статус некоммерческих организаций определяет разные источники уплаты налогов и страховых взносов: бюджетные ассигнования, предусмотренные на эти цели в смете доходов и расходов, — в бюджетных учреждениях, выручка от реализации продукции, работ и услуг — в организациях иных организационно-правовых форм. Начисленные в соответствии с налоговым законодательством суммы единого социального налога и страховых взносов в полном объеме перечисляются в бюджеты Пенсионного фонда РФ и фондов обязательного медицинского страхования, Единый социальный налог, зачисляемый в Фонд социального страхования РФ, перечисляется в виде разницы между суммой начисленного единого социального налога и произведенных организацией расходов по выплате различных пособий (по временной нетрудоспособности, беременности и родам и др.), предусмотренных законодательством.
Материальными носителями финансовых отношений в некоммерческих организациях выступают финансовые ресурсы. Финансовые ресурсы некоммерческих организаций представляют собой совокупность денежных доходов, поступлений и накоплений, используемых на текущее содержание и расширение деятельности этих организаций. Источники финансовых ресурсов, принципы их формирования и использования зависят от вида услуг, оказываемых некоммерческими организациями, и характера их предоставления.