Одна из фундаментальных проблем природообустройства, как и природопользования, — как встроиться человеку своей деятельностью в единое природное тело.
Вторая проблема — изучение новых, отсутствовавших в природе, техноприродных систем, познание законов их создания, функционирования, развития и управления ими.
Географам удалось в последние десятилетия построить довольно стройную теорию членения Земли на генетически однородные объекты разной крупности. Для этого они ввели понятие геосистема — как пространственно-временной комплекс (полная система!) всех компонентов природы, взаимосвязанных и взаимообусловленных в своем размещении и развивающихся как единое целое.
Геосистемный подход к природообустройству более полный, чем экосистемный. Под экосистемой понимают единство отдельного организма или популяции (сообщества организмов) и среды обитания. При экосистемном подходе детально изучают взаимосвязи живого и неживого, но выпадают из рассмотрения связи между косными компонентами природы.
Разработана иерархия геосистем. Так, на региональном уровне выделяют следующие ранги: ландшафтные зоны, ландшафте страны, ландшафтные области, ландшафтные провинции, ландшафтные округа, ландшафты. На локальном уровне ландшафт делится на местности, урочища, фации.
Вся суша представляется в виде совокупности ландшафтов. Под ландшафтом понимают генетически единую геосистему, однородную по зональным и азональным признакам и включающую специфический набор локальных геосистем: местностей, урочищ, фаций.
Ландшафт имеет однородный геологический фундамент, определенный состав горных пород, один генетический тип рельефа, единый местный климат и, как следствие, один зональный тип и подтип почв. В то же время части ландшафта расположены на разных формах и элементах рельефа, отличаются друг от друга микроклиматическими условиями, водным режимом, растительным покровом, что приводит к образованию разновидностей почв, появлению азональных почв (пойменных, болотных, засоленных). Таким образом, каждому ландшафту свойствен такой набор свойств и такое внутреннее строение, что делает каждый ландшафт в целом уникальным, имеющим много индивидуальных черт.
При природообустройстве очень важно четко обозначить объект этой деятельности. Это имеет не только методологическое, но и большое практическое значение. Воздействие на отдельные компоненты природы —это, в сущности, абстракция, ибо эти компоненты неавтономны. Это только кажется плохому специалисту, что он может лишь что-то поменять, оставив все остальное неизменным.
Объектом природообустройства должна быть геосистема такого ранга, в масштабах которой непосредственно проявляются осуществляемые человеком преобразования. При этом, исходя из наличия межсистемных связей, при осуществлении преобразования необходимо оценивать влияние работ по природообустроиству на соседние геосистемы.