Организацию управления водохозяйственной системой должен осуществлять водохозяйственный комплекс (ВХК), так как использование водных ресурсов в больших масштабах сопряжено с изменением установившихся связей в природе и системе народного хозяйства. Эти изменения затрагивают интересы многих отраслей народного хозяйства, и наряду с положительным эффектом возникают и отрицательные последствия. Минимизация отрицательных последствий возможна в том случае, если рассматривать всю водохозяйственную систему как единый комплекс и проектировать ее на основе долгосрочных прогнозов требований различных отраслей к количеству и качеству воды, реальных природных условий и при этом учитывать возможность их изменения.
В то же время водохозяйственный комплекс можно рассматривать как совокупность мероприятий и сооружений по рациональному использованию водных и связанных с ними природных ресурсов, позволяющих оптимально удовлетворять всех водопользователей имеющимся ресурсом воды.
В соответствии с ГОСТ 19185—73 ВХК — совокупность различных отраслей народного хозяйства, совместно использующих водные ресурсы одного водного бассейна. Формирование комплекса, то есть обоснованный выбор состава и числа участников, — одна из сложнейших предпроектных задач.
При обосновании ВХК необходимо учитывать три связанные между собой части: природную, экономическую и техническую (рис.). Природная часть обусловливает возможности функционирования и развития ВХК, определяет положительные и отрицательные стороны его влияния на окружающую среду; экономическая часть учитывает интересы всех затрагиваемых отраслей и отдельных водопользователей. Ее задачи заключаются в максимизации экономического эффекта и минимизации ущерба при недополучении воды. Эта часть обоснования ВХК позволяет объективно распределить суммарные капиталовложения и издержки; техническая часть ВХК определяет системы взаимосвязанных технических решений, сооружений и мероприятий, обеспечивающих действие ВХК в конкретных местных условиях.
ВХК должен обеспечить наибольшую экономическую эффективность для народного хозяйства в целом, а не для какой-либо отдельной отрасли; не допускать вредного воздействия на окружающую среду. Сооружения участников ВХК должны способствовать охране вод от загрязнения и истощения; обеспечить достаточно простую и надежную эксплуатацию участникам или компонентам ВХК.